De 1906 à 1925, il fallut se contenter d'un orgue provisoire : l'ancien orgue de choeur du petit séminaire d'Autrey, construit par la maison Jacquot-Jeanpierre & fils en 1902. Il fut transféré en 1925 à Châtenois, où il se trouve toujours. Ce transfert a été rendu nécessaire par les travaux entrepris à cette date pour agrandir la basilique. 

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Le plan en fut totalement inversé ; en effet, le tansept et le choeur furent érigés là où se trouvait l'ancien orgue, et l'accès des fidèles se fit désormais par l'ancien choeur, ce qui obligea à scinder l'orgue en deux, au dessus des anciennes sacristies.

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L'initiative de la construction de ce nouvel instrument revint au Père Danion, supérieur des Chapelains de Domremy. Il avait pourtant mal choisi son moment, puisque le premier devis fut établi le 8 juin 1942 par la maison Jacquot Lavergne, de Rambervillers. En raison des hostilités, la construction dura bien plus longtemps que prévu ; il fallait des bons pour se procurer chaque matériau utilisés, les Allemands interdisaient l'usage d'alliage avec plus de 25% d'étain et deux ouvriers de Jacquot Lavergne durent partir en 1943 pour la S. T. O. les prix s'en ressentirent, puisqu'ils passèrent dès 146 000 francs prévus à 544 051 francs, sans compter les travaux de maçonnerie pour ouvrir les deux niches abritant l'instrument.

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Mais grâce à des tournées de prédication dans de nombreuses villes, grâce à l'aide de plus de 1600 souscripteurs, grâce aussi à un récital Franck donné le 2 avril 1943 par André Marchal sur le nouvel orgue du Palais de Chaillot, au profit de Domremy, le Père Danion put mener son entreprise à bien. L'instrument Opus n° 857 de la maison Jacquot Lavergne, fut inauguré le lundi de Pâques 10 avril 1944 par André Marchal, auteur également de la composition des jeux, qu'il voulait éclatante pour célébrer la gloire de Jeanne d'Arc.

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André Marchal y interpréta des oeuvres de Daquin, Vierne, Sévernac, Franck, Nibelle, Bach, et sa "Prière du Prisonnier" . Les relations entre André Marchal et René Lavergne étaient d'ailleurs très tendues, depuis que Marchal, favorable à Victor Gonzalez, avait ouvertement critiqué l'orgue Jacquot Lavergne de Saint Jean de Caen. Cette inauguration fut même filmée "France actualité". Mais a-t-on aussi diffusé l'invocation du Père Danion, qui s'écria deux mois avant le débarquement : "Puisse bientôt notre Jeanne nous apporter, de par le Roi du Ciel, la paix que nous attendons "?

 

Lorsqu'en 1945 le bel escalier à double révolution, baptisé  " escalier de la Paix" fut réalisé, débouchant devant la console, il fallut modifier les câblages des transmissions. A l'automne 1989, l'instrument fut partiellement réharmonisé par Philippe Hartmann, qui modifia également la composition des Plein Jeu. L'harmonisation primitive avait été réalisée par H. Grados qui s'était plaint de ne pas avoir disposé du temps nécessaire... 

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